物語は[ブラム・ストーカー]の『吸血鬼ドラキュラ』を継ぎ、HELLSING教授が不死のドラキュラを倒してから約100年後。英国王立国教騎士団は、大英帝国と英国国教に敵対する反キリスト怪物を専門に殲滅する特殊機関であり、その切り札が常人では扱えない大口径拳銃を携える吸血鬼アルカードである。ある任務で、彼は人質となっていた女性警官セラスを吸血鬼へと変え、その後は主従関係で任務を遂行していく。
しかし、歴史の闇に潜む敵も再び動き始めていた。一連の不気味な人造吸血鬼事件は、秘密組織「千年紀」を指し示していた。この組織は南米に潜伏するナチスの残党によって設立され、指導者「少佐」の指揮の下、多くの親衛隊老兵が改造を受け、不死の吸血鬼軍団「最後の大隊」へと変えられていた。さらに、少佐の配下には「狼男部隊」がおり、常識を超えた超自然能力と殺戮の意志を持ち、恐るべき敵となっていた。
彼らの目的は、アルカードとHellsingの殲滅、英国の破壊、そして果てしない戦火を再び世界にもたらすこと。
Hellsingはやむなく、政教上では敵対関係にありながら、同じく異端の怪物を殲滅する機関である教皇庁十三課と協力する。しかし強大な軍団を擁する教皇庁には独自の思惑があり、状況はさらに複雑化する。
その時、最後の大隊と狼男部隊がついにロンドンへの殲滅戦を開始。潜伏していた吸血鬼の支持者たちも一斉に姿を現した。英国各地で甚大な被害が発生し、Hellsingも大きな打撃を受ける中、教皇庁十三課課長マクスウェルは漁夫の利を狙い、第九次十字軍として上陸戦を敢行。国教徒を英国から永遠に葬り去ろうと画策する。英国女王は最終手段として、死都と化したロンドンへの核攻撃を宣言する。
アルカードが「死の河」を発動させると、最後の大隊と十字軍は急速に崩壊し、教皇庁十三課もほぼ壊滅した。血塗られた夜明けを迎える前に、三勢力は最後の切り札を残すのみとなった。しかし、少佐にはさらに大きな陰謀があるようだった……。
この地獄の戦いで、最後に生き残るのは果たして誰か?
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