海面の劇的な上昇により、人類は居住可能な土地の大部分を失い、既存の技術に頼って生き延びることを余儀なくされていた。悲劇に見舞われた多くの人々の中に、潜水艇事故で片足を失い、今はほとんど人が住まない島で惨めな生活を送る天才的な新卒者、斑鳩夏生がいた。
謎の女性キャサリンと出会った後、夏生は著名な気候学者である祖母・ノンコが所有していた高度なヒューマノイドロボットを発見する。少女の外見と振る舞いを持つ、引き揚げられたロボット・アトリは、ノンコから重要な使命を託されたが、その内容を忘れてしまったと夏生に明かす。
当初はアトリを売却するつもりだった夏生だが、アトリを通じて祖母の研究と繋がる可能性に、決断を再考する。夏生はかつて、栄誉ある科学ミッションに参加するために夢を犠牲にしなければならなかった。しかし、島の住人たちと心を通わせていくうちに、荒廃した世界でもまだ変化を起こせることに気付いていく。
[Written by MAL Rewrite]
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